La façon dont les écosystèmes fonctionnent, à la fois sur terre, en eau douce et en mer, est influencée par la manière dont ses composants vivants et non vivants interagissent. L'utilisation de preuves fossiles du passé lointain permet d'informer sur les changements climatiques et sur d'autres variables physiques qui ont déclenché des événements biotiques (extinctions, récupérations, radiations...).